Keberadaan UU Nomor 29 tahun 2004 tentang praktek kedokteran memberikan perlindungan hukum terhadap profesi di satu sisi dan tuntutan pengembangan profesi di lain pihak yang mengarahkan dokter untuk mengembangkan strategi pengembangan profesi.

Atas dasar tuntutan profesi yang mengarahkan dokter umum untuk mengembangkan dirinya sebagai professional yang mampu menjawab kebutuhan layanan kesehatan masyarakat dibutuhkan sebuah organisasi yang mewadahi para dokter umum tersebut.

Saat ini dibawah Ikatan Dokter Indonesia ( IDI ) wadah seluruh dokter berhimpun tercatat lebih dari 122.000 dokter dari berbagai macam disiplin ilmu, dan lebih dari 89.000 dokter diantaranya adalah dokter umum yang tersebar di seluruh Indonesia.

Seperti kita ketahui dibawah Ikatan Dokter Indonesia berhimpun berbagai organisasi spesialis dan seminat dari berbagai cabang ilmu kedokteran yang secara khusus mengelola disiplin ilmunya.  Dengan hal tersebut memudahkan IDI sebagai organisasi induk untuk menentukan kebijakan-kebijakan maupun program-program yang dibutuhkan oleh profesi dokter Indonesia secara keseluruhan.

Terkait dengan situasi tersebut, dengan didasari semangat serta kesadaran yang tinggi beberapa dokter umum berkumpul di Jakarta menggagas perlunya sebuah organisasi dokter umum dibawah IDI untuk mengembangkan dirinya sebagai profesional yang mampu menjawab kebutuhan layanan kesehatan masyarakat.  Langkah pertama dilakukan sebuah Lokakarya Dokter Umum Indonesia yang dihadiri sekitar 500 orang dokter umum dari berbagai daerah di Indonesia pada Agustus 2007 bertempat di Pusdiklat Departemen Kesehatan Jl. Hang Jebat, Kebayoran, Jakarta.  Kemudian deklarasi PDUI dilakukan di Jakarta pada kegiatan Indo Medica Expo 1st IDI pada 1 Juni 2008 di Jakarta Convention Center.  Dan pada 16 November 2009 sudah dilakukan Kongres I Perhimpunan Dokter Umum Indonesia [PDUI]. Selanjutnya pada Muktamar IDI Nopember 2009 di Palembang, PDUI mendapat pengesahan.

Setelah mendapat pengesahan pada MUKTAMAR IDI ke-27 di Palembang, PDUI melakukan kegiatan konsolidasi organisasi melalui kegiatan Pertemuan Ilmiah Tahunan. PIT PDUI pertama terlaksana di tahun 2010 dengan nama IGP Exco 2010 yang dirangkaikan dengan musyawarah kerja nasional (MUKERNAS) PDUI yang dilaksanakan di Jakarta Convention Centre dan dibuka oleh Menteri Kesehatan, Dr. Endang Rahayu Sedyaningsih, MPH, Ph.D yang pada waktu itu dihadiri oleh lebih dari 2500 peserta. Kemudian PIT PDUI ke-2, dilaksanakan pada tanggal 24-26 Maret 2011 di tempat yang sama dan juga dibuka oleh Menteri Kesehatan dengan dihadiri oleh lebih dari 2700 peserta. PIT PDUI ke-3 pada tanggal 9-11 Maret 2012, Kali ini di Ballroom  Hotel Pullman, Podomoro City, Jakarta Barat dan dibuka oleh Menkokesra RI, Dr. Agung Laksono dengan dihadiri lebih dari 2700 peserta. Sebelumnya, masih dalam rangkaian PIT ke-3 dilaksanakan Pelatihan USG untuk Dokter Umum, tanggal 05-07 Maret 2012 di Hotel Amos Cozy, Jakarta Selatan. Pelatihan ini berlanjut hingga Angkatan XXII, 14-17 Mei 2014.

Selanjutnya PIT PDUI ke-4 pada tanggal 29-31 Maret 2013, Kali ini di Hotel Ritz Carlton, Pacific Place, SCBD, Jakarta Selatan dan dibuka oleh Menkokesra RI, Dr. Agung Laksono dengan dihadiri lebih dari 3400 peserta dan telah berlangsung sukses PIT PDUI ke-5 pada tanggal 11-13 April 2014 bertempat yang sama dengan PIT ke-4, juga dibuka oleh Menkokesra RI, Dr. Agung Laksono dengan dihadiri lebih dari 3000 peserta.

PENGURUS PUSAT PDUI PERIODE 2014-2017
     
NO NAMA JABATAN
  Dewan Penasehat  
  Prof. Dr. I. Oetama Marsis, SpOG (K) Ketua
  Prof. DR. Dr. Razak Thaha, MSc, SpGK Wakil Ketua
   Prof. DR. Dr. Farid Anfasa Moeloek, SpOG (K) Anggota
   Prof. Dr. Zubairi Djoerban, SpPD, KHOM Anggota
   Prof. Dr. Umar Fahmi Achmadi, MPH, PhD Anggota
  Prof. Dr. Errol U. Hutagalung, SpB, SpOT (K) Anggota
   Prof. DR. Dr. Teguh Ranakusuma, SpS (K) Anggota
  Dr. Broto Wasisto, MPH Anggota
  Dr. Kartono Muhamad, MHA, MA Anggota
  Dr. Pranawa, SpPD, KGH Anggota
     
  Dewan Pembina Ketua
  DR. Dr. Fachmi Idris, MKes Wakil Ketua
  Dr. Zaenal Abidin, SH, MH Anggota
  Prof. DR. Dr. Ahmad Djojosugito, SpB, SpOT, MHA Anggota
  Prof. DR. Dr. Sudarto Ronoatmodjo Anggota
  Dr. Merdias Almatsier, SpS (K) Anggota
  Dr. Daeng M. Faqih, SH, MH Anggota
  Dr. Endarto Sutarto, SKM Anggota
  Dr. Warsito, MM Anggota
   Dr. Albert J. Santoso Anggota
   Dr. Abdul Hamid Anggota
     
  Dewan Pakar  
  Prof. Dr. Hasbullah Thabrany, Dr.PH  
  DR. Dr. Sukman Tulus Putra, SpA (K)  
  Prof. DR. Dr. Sidartawan Sugondo, MD, PhD, F.A.C.E  
  DR. Dr. Aulia Sani, SpJP, FJCC, FIHA  
  Dr. Masrifan Djamil, MPH, MMR  
  Dr. Mawari Edy, MEpid  
  DR. Dr. Darwis Hartono, PKK  
  Dr. Nurhidayat Pua Upa, MARS  
  Dr. Andi Ardjuna Sakti, SH, MARS  
  Dr. Mahesa Paranadipa, MH  
     
     
  PENGURUS HARIAN  
  Dr. Abraham Andi Padlan Patarai, MKes Ketua
  Dr. Dyah Agustina Waluyo Wakil Ketua I
  Dr. Ahmad Budi Arto, MM Wakil Ketua II
  Dr. Masagus M. Hakim, MKes Wakil Ketua III
  Dr. Rais Husni Mubarak Wakil Ketua IV
  Dr. H. Raden Furqan HT, SH, MHA Wakil Ketua V
     
  Dr. Andi Alfian Zainuddin, MKM Sekretaris
  Dr. Enrico Rinaldi, MM Wakil Sekretaris I
  Dr. Suci Rahmad, MKes Wakil Sekretaris II
  Dr. Andri Gunawan Wakil Sekretaris III
  Dr. Nurhadji Wakil Sekretaris IV
  Dr. I Gede Anom, MARS Wakil Sekretaris V
     
  Dr. Imelda Datau Bendahara
  Dr. Sri Aminahwati Wakil Bendahara I
  Dr. Mariany Shimizu Wakil Bendahara II
  Dr. Fahria Syawal Wakil Bendahara III
     
  Dr. Almaycano Ginting, MKes Koord. Wil. Sumatera
  Dr. Suyuti Syamsul, MPPM Koord. Wil. Kalimantan
  Dr. Muhammad Ardiansyah, MKes Koord. Wil. Sulawesi
  Dr. Hadri Pramono, MARS Koord. Wil. Jawa
  Dr. I Made Dianthi, MM Koord. Wil. Bali, NTB, NTT
  Dr. Sahat L. Tobing, Msi Koord. Wil. Maluku
  Dr. Firman Koord. Wil. Papua
     
  Bidang Organisasi  
  Dr. Ardiansyah Bahar Ketua
  Dr. Fikri Suadu Wakil Ketua
  Dr. Chaidar Muttaqin Anggota
  Dr. Makky Zamzami Anggota
  Dr. Yuziana Anggota
     
  Bidang Data dan Informasi Keanggotaan  
  Dr. Yoesrianto Tahir Ketua
  Dr. Fery Rahman Wakil Ketua
  Dr. Della Sarah Anggota
  Dr. Vira (Luluk Maya Savira) Anggota
  Dr. Dewi Novita Putri Anggota
     
     
  Bidang Usaha dan Kerjasama Antar Lembaga Dalam Negeri  
  Dr. Rosita Rivai Ketua
  Dr. Asturi Putri, MARS Wakil Ketua
  Dr. Adirini Astuti Anggota
  Dr. Risky Dwi Rahayu, MSc Anggota
  Dr. Muhammad Eko Yulianto Anggota
     
  Bidang Usaha dan Kerjasama Antar Lembaga Luar Negeri  
  Dr. Mukti Eka Rahadian, MM, MARS Ketua
  Dr. Kamaruddin Askar Wakil Ketua
  Dr. Edison Sahputra Anggota
  Dr. Hartati B. Bangsa Anggota
  Dr. Arvina Martiany Anggota
     
  Bidang Penelitian dan Pengembangan Yankes Primer  
  Dr. Muhammad Agung, PhD Ketua
  Dr. Abdul Halik Malik, MKM Wakil Ketua
  Dr. Widya Murni, MARS Anggota
  Dr. Gracecielia Piscesianita, MKK Anggota
  Dr. Ega Bonar Bastari Anggota
     
  Bidang Pengabdian Masyarakat dan Penanggulangan Bencana  
  Dr. Lucky Halioedin Tjahjono, Mkes Ketua
  Dr. HB. Junaz Wakil Ketua
  Dr. Fitria M. Pulukadang Anggota
  Dr. Nadia Alkatiri Anggota
  Dr. Fara Caloh Thahir Anggota
     
  Badan Hukum dan Pembelaan Anggota  
  Dr. Timbul Tampubolon, SH, MHKes Ketua
  Dr. Efrila, SH, MH Wakil Ketua
  Dr. Fardella Habib Anggota
  Dr. Trias Mujahid Anggota
  Dr. Taufan Ikhsan Tuarita Anggota
     
  Badan Pengembangan Pendidikan Kedokteran Berkelanjutan  
  Dr. Nurkhalis Makis, MGz Ketua
  Dr. Amran A. Raga Wakil Ketua
  Dr. Tintin Supriatin Anggota
  Dr. Nur Azizah Shadiqi Anggota
  Dr. Yenni Patrizia Anggota
     
  Badan Kolegium Dokter Indonesia  
  Dr. Muhammad Agung, PhD Ketua
  Dr. Andi Alfian Zainuddin, MKM Wakil Ketua
  Dr. Siti pariani, MSc, DrPH Anggota
  Dr. Daeng M. Faqih, SH, MH Anggota
  Dr. Toni Natakarman Anggota